По общему правилу организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, не признаются плательщиками налога на добавленную стоимость (НДС) и при реализации товаров (работ, услуг) счета-фактуры не составляют. Законодательство о налогах и сборах содержит исключение из данного правила. В соответствии с подпунктом 1 пункта 5 статьи 173 Налогового кодекса Российской Федерации лица, не являющиеся налогоплательщиками, или налогоплательщиками, освобожденными от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога на добавленную стоимость, исчисляют НДС в случае выставления ими покупателю счета-фактуры с выделением суммы указанного налога.
Исходя из изложенного, организация, применяющая упрощенную систему налогообложения, в случае выставления счета-фактуры с выделением суммы налога на добавленную стоимость при реализации товаров (работ, услуг) обязана исчислить НДС и уплатить его в бюджет. Согласно пункту 1 статьи 346.15 Налогового кодекса Российской Федерации при определении объекта налогообложения учитываются доходы, определяемые в порядке, установленном пунктами 1 и 2 статьи 248 Кодекса. Пунктом 1 статьи 248 Налогового кодекса установлено, что при определении доходов из них исключаются суммы налогов, предъявленные в соответствии с настоящим Кодексом налогоплательщиком покупателю (приобретателю) товаров (работ, услуг, имущественных прав).
В силу подпункта 22 пункта 1 статьи 346.16 Налогового кодекса при определении объекта налогообложения налогоплательщик, применяющий упрощенную систему налогообложения, уменьшает полученные доходы на суммы налогов и сборов, уплаченные в соответствии с законодательством о налогах и сборах, за исключением НДС, уплаченного в бюджет в соответствии с пунктом 5 статьи 173 Кодекса. Таким образом, суммы НДС, уплаченные в бюджет организацией, применяющей упрощенную систему налогообложения, при определении налоговой базы по упрощенной системе налогообложения в составе расходов не учитываются.
