Согласно пункту 1 статьи 53 Гражданского кодекса Российской Федерации юридические лица приобретают гражданские права и принимают на себя гражданские обязанности через свои органы, действующие в соответствии с законом, иными правовыми актами и учредительными документами.
В соответствии с подпунктом 4 пункта 2 статьи 33 и пунктом 1 статьи 40 Федерального закона от 08.02.1998 N 14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью» избрание и прекращение полномочий единоличного исполнительного органа общества относится к компетенции общего собрания участников общества или совета директоров, если это предусмотрено уставом.
Ни Гражданский кодекс Российской Федерации, ни Федеральный закон «Об обществах с ограниченной ответственностью» не связывают прекращение компетентным органом управления полномочий руководителя общества с ограниченной ответственностью с фактом внесения таких сведений в Единый государственный реестр юридических лиц (ЕГРЮЛ).
Поскольку рассмотрение вопросов о прекращении полномочий единоличного исполнительного органа общества относится к компетенции общего собрания участников общества, то с момента принятия общим собранием участников общества соответствующего решения, полномочия руководителя ООО прекращаются.