Законодательством о налогах и сборах установлено, что при определении налоговой базы по налогу на доходы физических лиц учитываются все доходы налогоплательщика, полученные им в денежной и в натуральной формах.
В соответствии с подпунктом 2 пункту 2 статьи 211 Налогового кодекса Российской Федерации к доходам, полученным налогоплательщиком в натуральной форме, относятся, в том числе товары, полученные налогоплательщиком на безвозмездной основе или с частичной оплатой.
При получении налогоплательщиком дохода от организации в натуральной форме в виде товаров налоговая база определяется как стоимость этих товаров, исчисленная исходя из их цен, определяемых в порядке, аналогичном предусмотренному статьей 105.3 Налогового кодекса.
Приобретая у организации квартиру по льготной цене (с частичной оплатой), налогоплательщик получает доход в натуральной форме, который определяется как разница между рыночной стоимостью жилого помещения и оплаченной части стоимости квартиры.
Таким образом, если налогоплательщик приобрел жилое помещение по льготной цене, оплатив лишь часть рыночной стоимости квартиры, у него возникает доход в натуральной форме. С указанного дохода налогоплательщику необходимо уплатить НДФЛ.